Luquitas.

Lo tengo que confesar: estuve engañando a este blog por algún tiempo, con uno mucho más humilde pero propio. Decidí resucitar una vieja Compaq Deskpro de los años 90 y tenerla como servidor en mi casa. Así que les invito a pegarse una vuelta por mi otro blog armado en mi humilde servidor:

http://luquitas.dyndns.biz/blog

Sepan disculpar si a veces no anda bien. Se hace todo lo posible para que funcione, pero ni el servidor ni la conexión a internet andan como deberían.

Espero poder seguir comentando sobre aplicaciones para Medicina en Debian en este blog. Hay muchas sobre las que me gustaría escribirles, pero el tiempo cada vez es más escaso...

¡Muchos saludos!

http://www.slicer.org/

3D Slicer es una aplicación de código abierto para visualizar y analizar imágenes médicas. El programa está diseñado para ser multiplataforma y multimodalidad. Es mantenido por una gran comunidad que ha aportado más de 1,2 millones (si, millones) de líneas de código. Los ejecutables y el código del proyecto son distribuidos bajo una licencia BSD.

http://tug.org/texlive/
Una de las cosas que conocí a través de la Wiki de EsDebian es LaTex. Personalmente me ha servido muchísimo para mis trabajos prácticos, sobre todo por la numeración automática y la facilidad para crear índices. El único inconveniente es que tener una distribución LaTex completa consume mucho espacio en el disco, y eso para mi era un problema.
La semana pasada buscando en internet me encuentro con la distribución Tex Live. Esta se distribuye en una imagen ISO que se puede descargar aquí: http://tug.org/texlive/acquire-iso.html
Lo que hace especial a esta distribución es que se puede ejecutar en modo "portable", con lo cual nos ahorramos de tener instalados en el disco todos los archivos, las fuentes, la documentación y demás componentes de Tex.

http://amide.sourceforge.net/

Es una herramienta completamente gratuita para ver y analizar imágenes médicas. Permite trabajar con datos multidimensionales (en planos sagitales, coronales, axiales, etc) y multimodalidad (TC, RM, etc.).

http://rasmol.org/

RasMol es un programa multiplataforma que permite la visualización y la producción de imágenes de proteínas, ácidos nucleicos y moléculas pequeñas. RasMol lee archivos de coordenadas moleculares y muestra interactivamente la molécula en una serie de representaciones y esquemas de colores. Los formatos soportados son: PDB, Mol, Mol2, MDL, MSC, XYZ, XMol, CHARMm, CIF y mmCIF.

Instalación.

RasMol se encuentra en los repositorios oficiales de Debian. Para instalarlo:

Otros medios de instalación están disponibles en la página de RasMol

Interfaces.

Por defecto tenemos 2 interfaces diferentes: la versión clásica y la versión GTK.
Al ejecutar la versión clásica aparecen:

• Una ventana de visualización, que posee un menú desde el cual accedemos a todas las funcionalidades de RasMol.

http://xmedcon.sourceforge.net/

(X)MedCon es una herramienta de código libre para la conversión de imágenes médicas. Algunas características importantes son:

• Todas las librerías escritas en C. Estas librerías pueden ser usadas para extender la funcionalidad de otros programas (como AMIDE)
• Utilidades en línea de comandos, ideal para crear scripts o trabajar con imágenes en ordenadores que no tienen entorno gráfico (como los servidores).
• Interfaz gráfica en GTK+, que facilita su uso. Gracias a esta interfaz podemos acceder a un sencillo visualizador de las imágenes con las que estamos trabajando.
• Permite trabajar con los siguientes formatos: Acr/Nema 2.0, Analyze (SPM), Concorde/µPET, DICOM 3.0, CTI ECAT 6/7, NIfTI-1, InterFile3.3 and PNG or Gif87a/89a.

Aunque no soy bueno con los blogs, me propuse usar este para describir mis experiencias y opiniones sobre programas relacionados a la medicina, la bioquímica y la genética. Soy consciente que estos no son temas de interés general, y que pueden ser terriblemente aburridos, pero es mi deseo de que a alguien algún día le pueda servir.

Aeskulap.

http://aeskulap.nongnu.org/
Aeskulap es exactamente un visor de imágenes médicas en formato DICOM. Es una alternativa de código libre a los visores DICOM comerciales. Quiero remarcar algunas características importantes:

• Es estrictamente un visor. Aunque están en los planes del proyecto extender sus capacidades, ni una está relacionada con la edición de las imágenes.
• Solo permite ver imágenes que cumplan el estándar DICOM, tanto en las extensiones de los archivos como en las jerarquías de las carpetas.
• Permite conectarse con servidores PACS (sistema de archivado y transmisión de imágenes)