RasMol es un programa multiplataforma que permite la visualización y la producción de imágenes de proteínas, ácidos nucleicos y moléculas pequeñas. RasMol lee archivos de coordenadas moleculares y muestra interactivamente la molécula en una serie de representaciones y esquemas de colores. Los formatos soportados son: PDB, Mol, Mol2, MDL, MSC, XYZ, XMol, CHARMm, CIF y mmCIF.
Instalación.
RasMol se encuentra en los repositorios oficiales de Debian. Para instalarlo:
#aptitude install rasmolOtros medios de instalación están disponibles en la página de RasMol
Interfaces.
Por defecto tenemos 2 interfaces diferentes: la versión clásica y la versión GTK.
Al ejecutar la versión clásica aparecen:
- Una ventana de visualización, que posee un menú desde el cual accedemos a todas las funcionalidades de RasMol.
- Una terminal, desde la cual podemos trabajar con la visualización a través de comandos. Esto es útil para fijar parámetros o coordenadas de manera precisa, entre otras cosas.
La versión GTK difiere poco de la ventana de visualización de la versión clásica. Existe la opción de abrir una terminal dentro de esta versión desde el menú View o con la tecla F7.
Para más detalles sobre el uso del programa revise el manual de RasMol en español: http://www.bernstein-plus-sons.com/software/RasMol_2.7.3/doc/esrasmol27.html
¿Para qué usar RasMol?
Es un excelente programa para la enseñanza. Personalmente me ayudó a entender mejor la forma que adoptan en el espacio muchas biomoléculas, sus proporciones, la relación entre sus cadenas, etc. Los que hayan estudiado cosas como acuoporinas, ADN, ARN, microtúbulos, actina o miosina saben lo mucho que cuesta imaginarse como son estas estructuras en realidad.
También podemos exportar nuestras vistas como imágenes, y de esta manera poder transmitirlas o publicarlas en documentos (o hacer fondos para el escritorio de proteinas canal de espinaca 
)
¿Donde obtener imágenes de biomoléculas?
Los que deseen buscar y descargarse archivos de biomoléculas lo pueden hacer en estas páginas:
http://www.pdb.org/pdb/home/home.do
http://proteopedia.org/wiki/index.php/Main_Page
¡Muchos saludos!
Estoy realmente maravillada con todos estas aplicaciones para visualizar imágenes médicas, estructuras bioquímicas, etc. Sigue, sigue así... estoy anotando.
Muchas gracias por el aporte.
Saludos.
Eso era lo que quería ver :P
Ahora que ya tengo internet, ya puedo probar todo muahahahaha 0=)!
Saludos!
¡Holas amigos!
@Karrel: De a poco va a ir creciendo esto ¡Me alegra un montón que te sirva!
@aBuSiViTo: Ya me parecía raro... estaba en medio del territorio del tigre y no lo escuchaba rugir.
¡Chicos un millón de gracias por el apoyo! Cualquier idea, comentario o crítica es bienvenida...
Muchos saludos.
Rasmol es uno de muchos.
Su verdadera potencia está en su prompt y su soporte para scripting para analizar moléculas... pero personalmente prefiero JMol, que sirve para lo mismo, pero se ve más bonito, puede funcionar dentrod el navegador como un applet y tiene un superset de los comandos de rasmol.
PD: Si nos e tiene una GPU decente, rasmol puede ir algo lento en algunas circumstancias... En mi caso he notado mmucha diferencia en el rendimiento al recompilarlo con "-march=native" en CFLAGS.
Es muy interesante tu blog, en lo personal me agrada mucho ver programas de este tipo y más si son Software libre ya que a los que andamos en el mundo de la ciencias de la salud o quimica nos viene de perlas.
Lo dicho muy buen blog, y muchisimas gracias por tus aportes son muy interesantes!!!
Saludos!!!
Interesante tu propuesta y gracias pero no has probado el VMD?
El VMD está súper se puede hacer un análisis casi a cualquier nivel e incluso se puede editar un peli.
Saludos
Interesante tu propuesta y gracias pero no has probado el VMD?
El VMD está súper se puede hacer un análisis casi a cualquier nivel e incluso se puede editar un peli.
Saludos
¡Hola!
.
No lo conocía, pero me parece demasiado programa para el uso que le doy. Solo me interesa visualizar macromoléculas como para "tener una idea". Igual ahora cuando tenga un tiempo lo pruebo
¡Muchas gracias! Saludos.