Luquitas.

http://amide.sourceforge.net/

Es una herramienta completamente gratuita para ver y analizar imágenes médicas. Permite trabajar con datos multidimensionales (en planos sagitales, coronales, axiales, etc) y multimodalidad (TC, RM, etc.).

Instalación, problemas y manuales.

Antes que nada quiero aclarar que AMIDE tiene licencia GNU/GPL, pero varios programas opcionales que amplían su capacidad no lo son. Por eso les dejo la isntalación que realicé yo, con más o menos lo necesario:

Otras aplicaciones opcionales son, por ejemplo, libfame y ffmpeg. Estas solo se necesitan para exportar imágenes y videos.

Ahora vienen los problemas:

• Su interfaz gráfica GTK tiene algunos problemas, no siempre permite redimensionar y se puede volver algo incómoda.
• No está traducido al español.
• No están empaquetados correctamente los manuales, con lo cual prácticamente toda la ayuda está en línea.

Los manuales se encuentran en :
http://amide.sourceforge.net/documentation.html
http://amide.sourceforge.net/help/es/index.html
Algo también encontramos en /usr/share/doc/amide/ pero es realmente poco.

Primeros pasos.

Importando conjuntos de datos: AMIDE soporta los formatos usuales de imágenes médicas. Para importarlos vamos al menú, en la sección "File". tenemos 2 opciones: "Import File (guess)" para que AMIDE reconozca el tipo de archivo y realice todas las operaciones automáticamente para cargar la imagen; "Import File (specify)" para cargar archivos en un formato específico, con lo cual nos aseguramos que los conjuntos de datos se abran correctamente (para eso son los estándares ¿no?). Un conjunto de datos correctamente importado se vería así:

Cambiando el modo de visualización: Debajo del menú principal hay una barra de tareas que permite (entre otras cosas) Cambiar la interpolación, cambiar las vistas (cortes), seleccionar los mapas de colores, el zoom, la densidad, etc.

Agregando áreas de interés: Esta es una de las capacidades interesantes de AMIDE, que nos permite marcar áreas de los estudios para guardar localizaciones específicas. Accedemos a las opciones en el menú "Edit" "Add ROI" .Los tipos de áreas de interés son:

• ROI: Permite seleccionar un volumen específico dentro del volumen total del estudio. Existen varios tipos de ROI: elipsoide, cilídrico, rectangular, a mano alzada e isocontornos. A su vez los isocontornos pueden ser bidimensionales o tridimensionales, y están normalmente basados en la densidad (marcan en el estudio todos las estructuras de la misma densidad).
• Fiducial Mark: Los Marcadores Fiduciales sólo tiene la información sobre la referencia a un punto del espacio, muy similar a un punto de coordenadas.

En este caso, en el estudio anterior agregué un área de interés basada en la densidad (isocontorno 3D). Puede verse que junto con el esqueleto de la caja torácica se seleccionaron elementos vasculares (cayado aórtico), esto se debe a que la TC tenía contraste y por esto las densidades a los rayos X son similares.

Vistas en 3D: Otra de ls posibilidades de AMIDE es permitirnos ver nuestros estudios, o selecciones de ellos, en 3 dimensiones. Lo podemos hacer desde el menú "View" "Volume Rendering".

Otras herramientas: en la sección "Tools" podemos efectuar más operaciones sobre las imágenes: Alineaciones, recortar las imágenes, realizar análisis sobre los conjuntos de datos, estadísticas de los ROI, etc.

Guardando y exportando conjuntos de datos: AMIDE permite guardar toda la información de un estudio en su propio formato (.XIF).
También podemos exportar nuestros conjuntos de datos en formatos más útiles (como DICOM) desde el menú "File" "Export Data Set".
Por último, podemos guardar imágenes de nuestros estudios: Desde el menú seleccionamos "File" "Export View".

Esto fue una revisión muy ligera del programa. Para más información experimente (o lea los manuales...).

Impresiones.

Aunque sea el programa más potente que tiene Debian para visualizar imágenes médicas, todavía tiene problemas que no han sido resueltos. Por esto lo considero como un excelente complemento a otros visores, pero no como reemplazo.

Más adelante les sigo aburriendo, ya basta por hoy...