3D Slicer en Debian.

Enviado por luquitas el 28 Septiembre, 2010 - 23:21.

http://www.slicer.org/

3D Slicer es una aplicación de código abierto para visualizar y analizar imágenes médicas. El programa está diseñado para ser multiplataforma y multimodalidad. Es mantenido por una gran comunidad que ha aportado más de 1,2 millones (si, millones) de líneas de código. Los ejecutables y el código del proyecto son distribuidos bajo una licencia BSD.

Descarga, instalación y requerimientos.

Podemos descargar Slicer desde la página de descargas del proyecto: http://www.slicer.org/pages/Special:SlicerDownloads
Tenemos dos maneras de usarlo en linux:

1 - Nos descargamos el archivo comprimido .tar.gz que tiene todo lo necesario para usar la aplicación. Luego lo descomprimimos, le damos permisos de ejecución al programa "SlicerX" (donde X es la versión de programa), y lo ejecutamos.

2 - Para compilar Slicer nos descargamos el código desde: http://www.slicer.org/pages/SourceCode. Podemos ver los requerimientos de software para compilar y demás ayuda en: http://www.slicer.org/slicerWiki/index.php/Slicer3:Build_Instructions.

Para ejecutar cómodamente Slicer necesitamos 2 GB de RAM y al menos 128 MB de memoria gráfica. La verdad mi computadora tengo 512 MB de memoria y video On-board Intel y el rendimiento es bastante aceptable (lentito, pero se puede usar bien).

Usando Slicer.

Este programa no es apto para la gente que odia las interfaces complicadas. Las capacidades de Slicer se extienden a través de módulos, y la instalación por defecto trae 102 módulos (imaginen lo compleja que es la interfaz).
Sin embargo hay mucha documentación en Inglés en:
http://www.slicer.org/slicerWiki/index.php/Documentation
http://www.slicer.org/slicerWiki/index.php/Training (recomiendo iniciar acá)

Los que quieran ver imágenes de lo que Slicer puede hacer revisen esto: http://www.slicer.org/slicerWiki/index.php/Slicer3:VisualBlog.

Impresiones.

Hasta ahora no encontré un programa de visualización y análisis más completo que este, entre otras funcionalidades rescato los módulos para cortes, transformaciones, edición, creación de superficies, áreas de interés (ROI), segmentación. cuantificación, imágenes 4D y tractografía. Realmente recomiendo que lo prueben.

Más adelante nuevas taradeces como estas... ¡Muchos saludos!

Imagen de ejcr
Enviado por ejcr el 29 Septiembre, 2010 - 01:10.

Squeeze (versión en prueba o testing de Debian) trae, en sus repositorios main, dicho programa en la versión 3.4.0. No se si será tan bueno como el tar.gz que tu propones. La verdad no lo he usado ¿razón? La medicina no es lo mio. Pero en fin voy a probar acompañado de mi ignorancia medica, y ver que tal.

Imagen de luquitas
Enviado por luquitas el 29 Septiembre, 2010 - 01:34.
ejcr escribió:

Squeeze (versión en prueba o testing de Debian) trae, en sus repositorios main, dicho programa en la versión 3.4.0. No se si será tan bueno como el tar.gz que tu propones. La verdad no lo he usado ¿razón? La medicina no es lo mio. Pero en fin voy a probar acompañado de mi ignorancia medica, y ver que tal.

¡Hola! No sabía que estaba en los repositorios !Muchísimas gracias por la información!

Imagen de karell
Enviado por karell el 29 Septiembre, 2010 - 01:46.

Pues sí, acabo de comprobar que existe una versión de slicer en los repositorios. Desistí de instalarlo para probarlo porque a mí me pide para empezar la actualización del sistema (lo cual no quiero hacer) y otro tanto de dependencias. Tampoco podré descargar el tar.gz porque no tengo acceso a esa página. Pero sin duda creo que debe ser una de esas tantas aplicaciones médicas buenas que tan acertadamente propones. Un millón de gracias. first

Imagen de luquitas
Enviado por luquitas el 29 Septiembre, 2010 - 01:55.
karell escribió:

Pues sí, acabo de comprobar que existe una versión de slicer en los repositorios. Desistí de instalarlo para probarlo porque a mí me pide para empezar la actualización del sistema (lo cual no quiero hacer) y otro tanto de dependencias. Tampoco podré descargar el tar.gz porque no tengo acceso a esa página. Pero sin duda creo que debe ser una de esas tantas aplicaciones médicas buenas que tan acertadamente propones. Un millón de gracias. first

¡Hola Karell! Yo tampoco quiero actualizar el sistema todavía, recién traté de instalarla de los repositorios y es un desastre de dependencias sad Me parece que voy a esperar que Squeeze sea estable para instalar desde los repositorios...
¡Muchos saludos!

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Enviado por AMISTOSO el 5 Octubre, 2010 - 20:46.

Hola amigo.
Si me pudieras responder y desirme de que parte eres esaltamente.
Saludos

Imagen de arctica
Enviado por arctica el 5 Octubre, 2010 - 20:47.
AMISTOSO escribió:

Hola amigo.
Si me pudieras responder y desirme de que parte eres esaltamente.
Saludos

¿Esto qué es? ¿A quién le hablas?


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Propósito.

En este blog voy a ir trayéndoles revisiones de programas relacionados a la medicina, la bioquímica, la genética y similares.

Contraindicaciones: La lectura de este blog puede causar pérdidas de tiempo de diferente consideración. La información que se expone puede abarcar el lugar de otra información más útil.

Espero que a alguien le pueda ser útil... ¡Muchos saludos!